最先燃起战火的就是元帅府一方,趁申屠信和童星光刚刚死亡,西方军区和东方军区群龙无首的关键时刻,除了镇守中央区的卫守国大军,北方军区的金将军傅英名,和南方军区的智将军郭全麾下的大军都动了,傅英名的大军直袭原本属于申屠信的西方军区,郭全率着他的大军不慌不忙地向东方军区进发。清康熙年间,忠臣何大人被将军杞献唐陷害,全家抄斩,只有其妻及女玉凤(黄杏秀)逃脱。玉凤为救其父,勇闯法场,连杀十三刀斧手,但终不敌受伤,被九难师太(李琳琳)救走。玉凤因此而得名“十三妹”。另一忠臣安大人也遭抄家之祸,只有其子安骥(汤镇业)逃出生天。安骥与玉凤自小青梅竹马,二人于是结伴逃亡。众人路上巧遇逃婚之玉格格,九难师太洞悉格格乃康熙之胞妹,欲藉此行刺康熙。玉格格不懂世情,不知身份已被悉穿,反而爱上女扮男装之玉凤,弄得一场笑话。及后名医李妙生(任达华)之出现,玉格格才将爱意转于妙生身上。杞献唐之女紫薇受父命混入玉凤等人当中作卧底,但紫薇却与安骥日久生情,因而发生一段三角恋爱。此时,康熙南下出巡,九难师太部署一切准备行刺康熙。杞献唐亦安排天罗地网,欲乘机把玉凤等人一网成擒。一场龙争虎斗也因此而展开。